Madrasah sebagai nama bagi suatu lembaga atau wadah yang mewadahi proses transformasi ilmu telah mengalami perkembangan pemaknaan dalam rentang sejarah perkembangan umat Islam sejak zaman Rasulullah SAW sampai sekarang. Madrasah dimaknai sebagai istilah yang menunjuk pada proses belajar dari yang tidak formal sampai yang formal. Madrasah adalah salah satu jenis lembaga pendidikan Islam yang diusahakan, di samping masjid dan pesantren. Proses kelahiran dan dinamika madrasah sebagai salah satu lembaga pendidikan Islam formal di Indonesia yang merupakan perkembangan lanjut atau pembaruan dari lembaga pendidikan pesantren dan masjid/surau.
Kata “madrasah” terambil dari akar kata “darasa-yadrusu-darsan _ belajar”. Kata madrasah sebagai isim makan, menunjuk arti “tempat belajar”. Padanan kata madrasah dalam bahasa Indonesia adalah sekolah. Ditilik dari makna Arab di atas, madrasah menunjuk pengertian “tempat belajar” secara umum, tidak menunjuk suatu tempat tertentu, dan bisa dilaksanakan di mana saja, di rumah, di surau/langgar, di masjid atau di tempat lain sesuai situasi dan kondisi. Tempat-tempat tersebut dalam sejarah lembaga-lembaga pendidikan Islam memegang peranan sebagai tempat transformasi ilmu bagi umat Islam. Dalam perkembangan selanjutnya, secara teknis, kata madrasah dikonotasikan secara sempit, yakni suatu gedung atau bangunan tertentu yang dilengkapi fasilitas, sarana dan prasarana pendidikan untuk menunjang proses belajar ilmu agama, bahkan juga ilmu umum.

Gedung Madrasah ( bangunan lama ) sudah ada semenjak tahun 60an , pada saat itu di kenal dengan istilah sekolah Arab , kemudian berkembang menjadi Madrasah Ibitidaiyah Al wathoniyah Pulo Jahe di bawah organisasi Al Ma’afif NU  berdasarkan Piagam Pengakuan Pelaksanaan Kewajiban Belajar , yang beralamat saat itu  Pulo Djae  Ketjamatan Pulo Gadung , di dirikan pada tanggal 27 Juli 1962.  Piagam pendirian Kepala Direktorat Pendidikan Agama Islam Tanggal 2 Agustus 1965.

Seiring Perkembangan zaman, pada tahun 1980an, Madrasah mendapat bantuan Pemerintah melaui Kementerian Agama berupa Gedung Baru yang lokasinya pindah ke belakang ( sawah )setelah  gedung berdiri kegiatan belajarr dan mengajar di pindah ke Gedung baru, sehingga Gedung yang lama nyaris tidak ada aktifitas pembelajaran.

Dikarenakan Gedung yang lama cenderung tidak ada aktifitas, kementrian Agama Kota Jakarta Timur, Cq Pergurais ( perguruan Agama Islam ) berupaya agar didirikan  madrasah Tsanawiyah yang saat didirikan diberinama MADRASAH TSANAWIYAH TSAQOFAH ADDARAIN Pada tahun 1988,

Atas Karunia ALLAH Subhanahu wa ta’ala Madrasah Tsanawiyah Tsaqofah Addarain  dapat menyelenggarakan Kegiatan belajar dan mengajar sampai saat ini.

Semoga Madrasah ini menjadi monument di hadapan Allah subhanahu wa ta’la, sebagai jariyah kepada siapa saja yang berjasa kepada madrasah ini.